Hasta la fecha de la anexión a Madrid, en 1954, Villaverde tenía las siguientes estaciones de tren:
La primera estación se inauguró en Villaverde Bajo el 9 de febrero de 1861, al ponerse en marcha la línea Madrid-Aranjuez (49 kilómetros). Se tardaba 2 horas en tren, en diligencia (había una al día) en cambio, entre 6-7 horas. La construyó la Compañía Anónima del Camino de Hierro de Madrid a Aranjuez. Más tarde se integró en la Compañía de los Ferrocarriles de Madrid a Zaragoza y Alicante (MZA). Por una Real Orden de 1906, se le dio el nombre de Villaverde Bajo.
En 1941 se nacionalizaron los ferrocarriles y pasaron a pertenecer a RENFE.
Villaverde Antigua: estaba situada en el actual parque de la dehesa Boyal. Fue demolida en 1964.
Apeadero de Villaverde Bajo: destruido en la Guerra Civil. En 1950 se reconstruyó y fue reformado en 1998.
Villaverde Directa: en la actual calle Lenguas, propiedad de la Compañía de los Ferrocarriles de Madrid a Cáceres y Portugal (MCP), sin servicio desde 1957 y demolida en 1998.
Villaverde Alto: la primitiva estación (apeadero) de MCP es de 1876, estuvo funcionando hasta 2009. En 1918 pasó a ser gestionada por la Compañía Nacional de los Ferrocarriles del Oeste. Se la llamó en sus comienzos Villaverde la Nueva y, desde agosto de 1944, Villaverde-Orcasitas. En el 2007 se integró en RENFE.
Orcasitas: apeadero, propiedad, en un principio, de MCP.
Apeadero de San Cristóbal de Los Ángeles.
Villaverde actualmente cuenta con cinco estaciones de cercanías: Estación de Puente Alcocer (subterráneo), apeadero de San Cristóbal de Los Ángeles, apeadero de San Cristóbal Industrial, estación de Villaverde Bajo (Los Rosales y Butarque) y la estación de Villaverde Alto.
El 21 de abril de 2007 se inauguró la ampliación de la línea 3 del metro, con paradas en La Ciudad de los Ángeles, Villaverde-Cruce, San Cristóbal y Villaverde Alto.
